Chemie

5-Formylcytosin-Bestimmung mit vollständiger Auflösung

5-Hydroxymethyl- und 5-Formylcytosin (1) bzw. (2) sind seit kurzem als wichtige Bestandteile genomischer DNA vieler Säuger bekannt. Die Sequenzierung von (1) und (2) ist aber mit den herkömmlichen Techniken nur sehr ungenau. Balasubramanian und Mitarbeiter berichten jetzt über eine reduktive Bisulfit-Sequenzierung, die (2) eindeutig zuordnet. Wird genomische DNA mit Bisulfit und darauffolgend mit NaOH behandelt, deformyliert (2) zu Uracil, das als Thymin (T) ausgelesen wird. Wird dieselbe DNA dagegen zuerst mit NaBH4 reduziert und dann mit Bisulfit umgesetzt, resultiert Cytosinsulfit, das wie (1) als Cytosin (C) ausgelesen wird. Durch Übereinanderlegen beider Sequenzen sind die Positionen von (2) in der DNA-Sequenz einfach und präzise zu bestimmen. Die gleichzeitige Bestimmung von 5-Methylcytosin mit seinen Oxidationsprodukten (1) und (2) gelingt durch die Einbeziehung einer oxidativen Bisulfit-Sequenzierung in ähnlicher Weise. UJ

Unsicherheiten berücksichtigen

Nørskov und Mitarbeiter präsentieren eine Methode, die Fehler in quantenchemischen Simulationen abschätzt. Als Beispiel betrachten

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